Командующий Балтийским флотом вице-адмирал Александр Носатов поздравил коллектив музея Балтийского флота с 61-летием со дня образования и выразил уверенность, что выставочные залы будут постоянно пополняться новыми экспонатами, напоминающими об исторических событиях не только прошлых столетий, но и современном строительстве и развитии старейшего флота России.
Музей Балтийского флота был основан Директивой Главного штаба Военно-морского флота от 25 сентября 1957 года с дислокацией в Балтийске.
Три года спустя музей перевели в Таллин — главную базу Краснознаменного Балтийского флота, где на протяжении последующих 30 с лишним лет происходило его дальнейшее развитие.
В 1992 году в ходе вывода сил флота из стран Балтии командование Балтийского флота приняло решение о передислокации музея в Балтийск.
Фонды музея насчитывают более 40 тыс. экспонатов: фотографий, документов, наградных знаков, моделей кораблей, образцов вооружения, произведений изобразительного искусства и формы одежды.
Наибольший интерес представляют морские кортики, принадлежавшие офицерам и адмиралам Балтийского флота, оставившим свой след в военно-морской истории. Имеются уникальные образцы холодного и огнестрельного оружия ХVIII-XX вв.
В коллекции музея находятся предметы, принадлежавшие прославленным адмирал Михаилу Лазареву, Ивану Крузенштерну, экспонируется мебель из кабинета командира Кронштадтского порта Степана Макарова. Большую ценность представляют закладные доски кораблей Балтийского флота ХIХ-ХХ вв.
Музей располагает коллекцией нагрудных знаков и значков, отражающих историю кораблей и подводных лодок, соединений и объединений флота. Библиотека музея насчитывает около 6 тыс. книг, журналов и газет.
Научные сотрудники музея постоянно работают в частях и на кораблях Балтийского флота, военнослужащие — частые гости в музее. Серьёзное внимание музей уделяет работе с военнослужащими срочной службы. Сотрудники музея проводят обзорные и тематические экскурсии для молодого пополнения, знакомят с информацией по истории и традициям флота, историей флотской формы одежды, особенностях корабельной службы, «биографией» кораблей и соединений флота.